برخی از مسائل دوران امامت آن حضرت، مقارن با حکومت ظالمانه هشام بن عبدالملک اموی بود. او مانند دیکر خلفای اموی شدیداً به مقام و منزلت حضرت باقر(ع) در بین مسلمانان رشک برده، در راه تصرف حکومت و کنار زدن امام(ع)، از هیچ جنایتی خودداری نمی کرد. عظمت علمی و معنوی امام باقر(ع)، چنان گیرا و جذّاب بود که حتی خلفای اموی و دشمنان را به کرنش و تعظیم وا می داشت. البته به غیر از عراق، در مکه و مدینه نیز شیعیان اندکی وجود داشتند که تعداد آنها نسبت به شیعیان عراق کمتر بود و در میان اصحاب و یاران حضرت تعداد 497 نفر از آنها در رجال طوسی نام برده شده اند که رابطه شان با امام(ع) قوی بوده و در کتب اهل سنت، اشخاص بسیار زیادی نام برده می شوند که از حضرت حدیت نقل کرده اند ولی جزو اصحاب ایشان به حساب نمی آیند. تعداد شیعیان اگر چه زیاد بود ولی چنانچه گذشت ، به منظور جنبش و قیام عمومی(که بتوان به پیروزی رسید و بر اساس اسلام و مسلمین ضربه ای وارد نشود) نمی شد به آنان اکتفا کرد و اوضاع سیاسی و مصلحت اسلام هم(که تشخیص آن با امام معصوم و حجت خدا در روی زمین است)، اجازه چنین حرکتی را نمی داد.
از میان اصحاب خاص ایشان چند نفر بیش از دیگران شهرت دارند و مقدار زیادی از احادث شیعه در جوامع حدیث از طریق آنها نقل شده است که می توان از زرارة بن اعین ، بُرید بن معاویة، ابان بن تغلب، ابو بصیر، هشام بن سالم، محمّد بن مسلم، کُمیت اسدی، جابر بن یزید نام برد و بعضی از این افراد تا زمان امام صادق(ع) نیز زنده بودند و از آن حضرت نیز احادیث زیادی روایت کردهاند و وظایف مهمی را در عصر امام صادق(ع) انجام داده اند. مثلا محمّد بن مسلم می گوید: از امام باقر(ع) سی هزار حدیث و از امام صادق(ع) شانزده هزار حدیث سوال کردم و جواب آنها را برای من فرمودند.
امام صادق(ع) فرمود: "احادیث پدرم را کسی جز زرارة و ابو بصیر مرادی و محمّد بن مسلم و برید حفظ نکردند، اینها حافظان دین هستند و در دنیا و آخرت به سوی ما سبقت گرفتهاند".
دوران امامت آن حضرت مصادف با ادامه فشارهای خلفای ستم گر بنی امیه مانند: ولید بن عبدالملک، سلیمان بن عبدالملک، عمر بن عبدالعزیز، یزید بن عبدالملک و هشام بن عبدالملک بود که تاریخ، برخورد جنایت کارانه آنها را با اهل بیت پیامبر(ص) و شیعیان ضبط نموده است. در آن دوران، عراق به عنوان مرکز اصلی شیعیان بود و همین مسئله باعث وحشت دستگاه اموی شده بود و لذا حاکمان اموی سعی می کردند از نزدیک شدن مردم عراق با حضرت باقر(ع) جلوگیری کنند. به گمان آنها، چون مردم عراق شیفته محمّد بن علیّ(علیهما السلام) بودند و او را امام می دانستند، از تماس های مردم ممانعت می کردند. لکن در مراحل مختلف از جمله مراسم حج و غیره، مردم مسلمان و به خصوص شیعیان عراق با حضرت باقر(علیه السلام) تماس برقرار نموده و دستور می گرفتند و یا سوال ها و شبهات فقهی و غیره را با ایشان در میان می گذاشتند و پاسخ و راهنمائی می شنیدند.
نظر شما