یکی از اعضای خانواده محمدعلی ابطحی به سایت آینده گفت:
اتهامات ایشان برحسب کیفرخواست صادره عبارتند از:
1- اجتماع و تبانی با هدف اقدام علیه امنیت داخلی کشور
2- فعالیت تبلیغاتی علیه نظام جمهوری اسلامی ایران
3- توهین به رئیس جمهور
4- اخلال در نظم عمومی از طریق شرکت در تجمع غیرقانونی مورخ 25/3/88
5- نگهداری اسناد طبقه بندی شده
به گفته وی، حجت الاسلام ابطحی در دفاعیات خود، خطاب به دادگاه گفت: پرونده من یک پرونده سیاسی است که در درون خانواده انقلاب رخ داده و طبعا راه حل سیاسی دارد و با راههای حقوقی نمی توان آنها را حل و فصل نمود.
لازم به ذکر است که اتهامات وی مستند بر مطالب منتشره در وبلاگ شخصی در تاریخ های 21،23،24 و 25 خرداد ، شرکت در راهپیمایی 25 خرداد، شرکت در جلسه مجمع روحانیون مبارز و همچنین