تعداد مدارسی که هر سال به این طرح افزوده می‌شوند بر اساس ظرفیت‌های اعلام شده، از سوی مدیریت حوزه تعیین میشود. آموزش و پرورش شهر تهران متعهد به تعیین دفتر کار برای روحانی مدرسه است.
کار "روحانی مدرسه" مشاوره، پاسخگویی به سئوالات و ارتباط با خانواده‌‌های دانش‌آموزان است. اداره کل آموزش و پرورش شهر تهران متعهد شده است که با مدیریت مدرسه برای حضور روحانی در بخشی از کلاس‌های پرورشی به صورت منظم یا پنجره باز (ساعات خالی دانش آموزان) هماهنگی کند.
دو نهاد حوزه و آموزش و پرورش از نخستین ماه‌های انقلاب با هم همکاری داشته‌اند. حتی قبل از انقلاب هم روحانیون در تالیف کتابهای درسی با وزارت آموزش و پرورش همکاری داشتند. اما در سال ۸۵ و در دوره وزارت محمود فرشیدی، همکاری دو نهاد وارد فاز اجرایی شد و ستادی برای همکاری حوزه و آموزش و پرورش تاسیس شد و طرح مدارس امین با اسامی "مدارس پیش حوزه ای" و "مدارس وابسته به حوزه" از سال ۸۸ در قالب منشور همکاری های دو نهاد به تدریج به اجرا درآمد. تاکنون تعداد مدارسی که تحت عنوان مدارس وابسته به حوزه (امین) در اختیار ۲۵۰ حوزه علمیه در سراسر کشور گذاشته اند اعلام نشده است.
ابعاد فعالیت روحانی مدرسه کاملا مشخص نشده و به نظر می‌رسد با اختیارات و وظایف مربیان و مشاوران و مدیریت مدارس تداخل پیدا می‌کند. فعالیت‌های تربیتی و مشاوره‌ای روحانیون اعزامی از حوزه در مدارس باعث شکل گیری نوعی مدیریت دوگانه در مدرسه میشود. اگر عملکرد روحانی مدرسه تابع حوزه علمیه باشد با وظایف و اختیارات مدیر که تابع سیستم اداری وزارت آموزش و پرورش است تعارض می یابد. قانونی بودن امضای تفاهمنامه از سوی مدیرکل آموزش و پرورش شهر تهران نیز محل تردید است.
در منشور همکاری‌های حوزه و آموزش و پرورش بر استقلال دو نهاد تاکید شده است و به نظر می رسد در این تفاهمنامه استقلال آموزش و پرورش مراعات نشده است. احتمالا مقررات آموزش و پرورش به وزیر و مدیرکل اجازه نمی دهد که مدارس دولتی را "تبدیل" کنند و در اختیار نهادهای غیردولتی قرار دهند. در قوانین آموزش و پرورش فقط دو نوع مدرسه دولتی و غیر دولتی شناخته شده که همگی از نظر برنامه‌های آموزشی و پرورشی باید تابع برنامه رسمی آموزش و پرورش باشند.
نکته دیگری که نادیده گرفته شده، تمایل دانش‌آموزان و اولیا برای تبدیل مدرسه دولتی انتخاب شده به مدرسه خاص است. هر فرد شاغل در مدرسه دارای عنوان و پست سازمانی معینی است، در تفاهمنامه مشخص نیست که "روحانی مدرسه" با چه عنوانی و چه پستی در مدرسه حضور پیدا می کند و آیا برای او پست جدیدی تعریف می شود؟ روحانی مدرسه، چه وضعیت استخدامی خواهد داشت و دستمزد خود را چگونه و از چه محلی دریافت می کند؟
حوزه های علمیه می‌توانند مانند سازمان تبلیغات اسلامی که بیش از یکصد دبیرستان غیردولتی تحت نام صدرا تاسیس کرده است، مدارس پیش حوزوی مورد علاقه خود را تاسیس کنند. در حالی که در طرح مدارس امین، ساختمان، دانش آموز، کادر آموزشی و مدیر متعلق به آموزش و پرورش است و همه هزینه‌ها را آموزش و پرورش پرداخت می‌کند، اما حوزه علمیه از طریق روحانی مستقر برنامه‌های تربیتی مدرسه را در اختیار دارد.
بر اساس مصاحبه‌های قبلی حجت‌الاسلام محمدحسن نبوی معاون تبلیغ و آموزش‌های کاربردی حوزه علمیه، دانش اموزان این مدارس تشویق به حضور در حوزه خواهندشد. در حال حاضر کار در سطح دبیرستان و راهنمایی آغاز شده اما در آینده به مقاطع پایین‌تر تا پیش‌دبستانی تسری پیدا می‌کند. واقعیت این است که روحانیت و مقامات سیاسی از سطح تربیتی و اعتقادی دانش‌آموزان راضی نیستند و بر این باورند که وزارت آموزش و پرورش توانایی کافی برای تربیت کودکان و نوجوانان را ندارد. در 8 سال گذشته مقامات آموزش و پرورش تلاش کردند با افزایش برنامه‌های دینی مدارس و زیاد کردن حجم کتابهای دینی و تسری مباحث دینی به همه دروس این نقیصه را جبران کنند اما این روشها ظاهرا کارساز نبوده است.
به نظر می‌رسد آخرین راه حل حضور تمام قد روحانیون به نمایندگی از حوزه‌های علمیه است تا مستقیما ایده‌های تربیت دینی را در برخی از مدارس اجرا کنند. حضور مستقیم نمایندگان حوزه در مدارس از این نظر که آنها از نزدیک با مشکلات تعلیم و تربیت در مدارس آشنا می‌شوند، می تواند سطح انتظارات از دستگاه تعلیم و تربیت کشور را تعدیل کند، اما حضور مستمر یک روحانی در مدرسه با اختیارات ویژه در حوزه تربیتی و مدیریتی ممکن است در سازمان مدرسه ایجاد دوگانگی کند و کارآمدی مدرسه را کاهش دهد. اثرات منفی این طرح بر روحیه معلمان و مربیان نیز غیر قابل انکار است و معنای روشن آن عدم صلاحیت کادر تربیتی مدرسه در پیگیری مسایل تربیتی دانش آموزان است.
توضیح: این مطلب، پیش از این در تاریخ 28 آذر 92 در روزنامه آرمان منتشر شده است.