سیدمحمد رضا خاتمی ادعای مطرح شده از سوی برخی سایتهای خبری مبنی‌بر ملاقات او و مهدی هاشمی در آلمان را تکذیب کرد و آن را یک دروغ بزرگ خواند.
وی گفت: این ادعای مطرح شده کاملا دروغ است، بنده برای شرکت در یک کنفرانس علمی به مونیخ رفته بودم و رسما هم این موضوع را از قبل به مسئولان دانشگاه اطلاع داده بودم.
وی افزود: بنده تنها در این کنگره شرکت کردم و هیچ برنامه دیگری هم نداشتم، همراه بنده 50 پزشک از جمله برخی از پزشکان سپاه پاسداران حضور داشتند.