باقری که بازی ملی را در سال 1372 و برابر پاکستان و درحالی که تنها 19 سال سن داشت ، آغاز کرد حالا در آستانه 37 سالگی قرار است برای همیشه با فوتبال ملی وداع کند.
کاپیتان با اخلاق باشگاه پرسپولیس تنها بازیکن از جمع ستاره های سابق ملی ایران بود که پذیرفت تا در بازی با برزیل از فوتبال ملی خداحافظی کند. او البته پیش از این در نامه ای رسمی اعلام کرده بود که دیگر با پیراهن تیم ملی به میدان نمی رود اما فدراسیون فوتبال می‌خواهد در حاشیه این دیدار بزرگ به پاس دو دهه بازی ملی از کریم تشکر کند؛ «خیلی خوشحالم از اینکه این فرصت را در اختیارم می گذارند تا بتوانم در چنین مسابقه مهمی با تیم ملی خداحافظی کنم. امیدوارم البته نتیجه مسابقه هم برای مان خوشایند باشد. برزیل تیم بهترین تیم دنیاست و بازی برابر چنین تیمی برای ما بسیار دشوار. امیدوارم درس های زیادی از تجربه این بازی سخت بگیریم و بچه های تیم ملی یک محک جدی را قبل از بازی های جام ملت های آسیا پشت سر بگذارند. بازی برابر ستاره ای تیم ملی برزیل برای خیلی از بچه های ما یک تجربه خوب است که باید امیدوار باشیم برای مان یک فرصت عالی باشد.»
مهدی مهدوی کیا و وحید هاشمیان درخواست وداع با تیم ملی را خارج از آزادی رد کرده بودند. البته باقری هم خیلی دوست داشت این اتفاق برایش در ایران پیش می‌آمد. او در این باره می گوید: « خیلی دوست داشتم این اتفاق در ورزشگاه آزادی رخ دهد. این بازی، بازی خوب و بزرگی است که پیش آمده است حالا شاید در کشور دیگری طبق برنامه‌ریزی‌ها باید برگزار می‌شد اما سعی می‌کنم بهترین استفاده را کرده و در شرایط ویژه از فوتبال ملی خداحافظی کنم. انشاءالله در بازی‌های بعدی در تهران با حضور 120 هوادار و یک تیم بزرگ سایر اسطوره‌های ما از فوتبال خداحافظی می‌کنند. من در امارات دلم با هواداران ایرانی است و از لطف آنها تشکر می‌کنم.»