وزارت علوم از نظر نحوه اداره آموزش عالی، در سال 1272 ایجاد شد. تفکر اداره هماهنگ امور آموزش کشور در سال 1288 در قالب تصویب قانون مربوط به تأسیس وزارت معارف و اوقاف و صنایع مستظرفه متجلی شد.
در سال 1300 قانون شورای عالی معارف به تصویب رسید که این قانون نقطه عطفی در تاریخ تشکیلات وزارت معارف به شمار می‌رفت.
بر اساس این قانون شورا با هدف توسعه دوایر علوم و اشاعه معارف و فنون و رفع نقائص تحصیلات علمی و فنی دایر گردید.
به تدریج مدارس عالی مختلف از دستگاه‌های اجرایی مربوط منتزع شده و زیر نظارت وزارت معارف در آمدند.
کلیه امور مربوط به تحصیلات، اساسنامه، نظامنامه و دیگر مسائل مربوط به موسسات آموزش عالی در شورای عالی معارف مورد بحث و برررسی قرار می‌گرفت و تصمیمات شورا لازم الاجرا بود.
از آن پس الفاظ دانشکده به مفهوم هر شعبه از مدارس عالی و دانشگاه به مفهوم مجموع شعب عالیه برای نخستین‌بار در قانون تأسیس دانشسراهای مقدماتی و عالی معرفی گردید.
با تصویب قانون اجازه تأسیس دانشگاه در تهران (1313) دانشگاه به عنوان مرکز ثقل آموزش عالی ایران شناخته شد.
در سال 1319 وزارت معارف به علت سنگینی وظایف به دو وزارتخانه جدید با نام‌های جدی تقسیم شد: وزارت پیشه و هنر و وزارت فرهنگ.
کلیه وظایف مربوط به آموزش و حتی آموزش عالی به عهده وزارتخانه جدید به نام فرهنگ گذاشته شد.
در ادامه توسعه روز افزون مراکز آموزشی بالاتر از سطح متوسطه و در جهت تفکیک آموزش عالی از آموزش متوسطه و ابتدایی در سال 1344 شورای مرکزی دانشگاه‌ها، به منظور رسیدگی به امور دانشگاه‌های ایران و کلیه موسسات آموزش عالی و ایجاد هماهنگی بین آنها تشکیل شد.
با توجه به اهمیت و نقش آموزش عالی و نیز تنوع و گستردگی آموزش‌های عالی و تخصصی، در بهمن سال 1346 یعنی دو سال پس از تصویب قانون تأسیس شورای مرکزی دانشگاه‌ها، قانون تأسیس وزارت علوم و آموزش عالی به تصویب رسید.
به این ترتیب نهاد ویژه دولتی برای حل مسائل فرهنگی و علمی نظام آموزش عالی کشور به طور مجزا به وجود آمد تا برای تحقق اهداف زیر آغاز به کار کند:
* صدور اجازه تأسیس و توسعه موسسات آموزش عالی و نظارت بر آنها
* تعیین هدفهای علمی و تحقیقاتی و آموزشی و تنظیم برنامه های لازم
* توسعه و ترویج علوم و فنون از طریق ایجاد یا تجهیز مراکز تحقیقاتی و علمی و تشویق و ارشاد پژوهشهای جمعی و فردی
* تعیین خط مشی آموزش کشور و تمرکز برنامه ریزی در امر آموزش ملی و اعزام دانشجویان به خارج از کشور
با تصویب این قانون کلیه وظایف و اختیارات وزارت آموزش و پرورش در شورای مرکزی دانشگاه‌ها و هیأتهای امنا به وزارت علوم و آموزش عالی محول گردید.
استقلال آموزش عالی از آموزش و پرورش به دلیل توسعه تشکیلات و سازمانها و لزوم توجه بیشتر به تربیت نیروی انسانی برای اداره این گونه تشکیلات صورت گرفت.
در سال 58-57 که آخرین سال قبل از وقوع انقلاب اسلامی است جمعا" 175675 دانشجو و 9098 کادر اموزشی تمام وقت در دانشگاه‌ها و موسسات آموزش عالی کشور مشغول به تحصیل و آموزش بوده اند.
آموزش عالی پس از استقرار نظام جمهوری اسلامی
بعد از پیروزی انقلاب اسلامی در اسفند ماه 1357 با تغییر در سازمان و تشکیلات، مجددا" دو وزارتخانه فرهنگ و هنر و علوم و آموزش عالی در یکدیگر ادغام شده و با نام وزارت فرهنگ و آموزش عالی به انجام امور پرداخت.
به دنبال آن، طرح ادغام موسسات آموزش عالی به مورد اجرا گذاشته شد و به موجب آن: 53 دانشگاه، دانشکده و موسسه آموزش عالی در قالب 4 مجتمع دانشگاهی فنی و مهندسی، ادبیات و علوم انسانی، علوم اداری و بازرگانی و هنر سازماندهی شدند.
پس از انقلاب فرهنگی بر اساس تصمیم شورای انقلای اسلامی با تعطیلی موسسات آموزش عالی در سال 1359، امام به تشکیل ستاد انقلاب فرهنگی فرمان داد، در این فرمان به ستاد مزبور مسئولیت داده شده بود که از افراد صاحبنظر و متعهد، استادان مسلمان و دانشجویان متعهد و با ایمان و دیگر قشر های تحصیلکرده و مومن به جمهوری اسلامی دعوت نمایند تا شورایی تشکیل دهند و در زمینه برنامه‌ریزی رشته‌های مختلف و خط مشی فرهنگی آینده دانشگاها براساس فرهنگ ایلامی و انتخاب و آماده ساختن استادان شایسته متعهد و آگاه و دیگر امور مربوط به انقلاب آموزشی اسلامی اقدام نمایند.
به این ترتیب ستاد انقلاب فرهنگی با تشکیل کمیته‌های برنامه‌ریزی در شعب مختلف علوم آغاز به کار کرد.
در آبان 1361 با تشکیل شورایی، مقدمات بازگشایی و نو گشایی موسسات آموزش عالی فراهم آمد و به این ترتیب بازگشایی موسسات آموزش عالی در دو مرحله انجام شد.
در سال 1364 به فرمان امام شورای عالی انقلاب فرهنگی متشکل از سران سه قوه، نخست وزیر، وزرای فرهنگ و آموزش عالی، آموزش و پرورش، فرهنگ و ارشاد اسلامی، اعضای شورای ستاد انقلاب فرهنگی و جمعی از دانشگاهیان تشکیل گردید که در ادامه کار ستاد انقلاب فرهنگی، به سیاستگذاری در امور فرهنگی، آموزشی و پژوهشی بپردازد.