دلیل رسمی مرگ وی انسداد شرائین و نرسیدن خون به قلب اعلام شد؛ هرچند مرگ وی به دلیل نداشتن سابقهٔ بیماری قلبی، عدم کالبدشکافی و اعلام نتیجه سریع و خبرداشتن سفارت ایران در لندن از مرگ وی قبل از اعلام رسمی خبر مشکوک بود. شریعتی وصیت کرده بود که وی را در حسینیهٔ ارشاد دفن کنند، ولی در قبرستانی کنار آرامگاه زینب کبری (ع)، در شهر دمشق نگهداری می‌شود و خانواده‌اش هزینه نگهداری جسد وی را متقبل شدند.
سوسن شریعتی دختر علی شریعتی روایت می کند که قرار بود از جسد دکتر شریعتی بهره برداری سیاسی شود. در خرداد 56 جسد دکتر شریعتی قرار بود به ایران منتقل شود و از این جنازه بهره‌برداری و سوء استفاده شود.
وی می گوید که در آن زمان در مورد جسد شریعتی یک بلاتکلیفی وجود داشت و بحث بر سر اینکه این جسد کجا دفن شود به موضوعی برای بهره‌برداری‌های سیاسی تبدیل شده بود. موضعگیریها در مورد مرگ شریعتی نیز متفاوت بود و در آن دوران نوجوانی برای من نشانه‌ها و سیگنالهایی را به دنبال داشت.
سوسن شریعتی تصریح می کند که عده‌ای با مرگ او خوشحال شدند که برای من نوجوان شناخت و پی بردن به وجود این عده جالب بود. کسانی نیز بودند که می‌خواستند این جسد را به بهانه‌ای برای درگیری سیاسی تبدیل کنند. بحثهایی هم در مورد مرحوم بودن و یا شهید بودن او در گرفته بود که نشان از همدلی و یا عدم همدلی با شریعتی بود.
سوسن شریعتی روایت می کند که در تشییع جنازه شریعتی امام موسی صدر حضور داشت. در آن تشییع جنازه که امام موسی صدر نیز حضور داشت بنده نبودم و خاطرات من به مراسم چهلم شریعتی که در بیروت برگزار شد برمی‌گردد. در نتیجه تلاش امام موسی صدر جنازه شریعتی در زینبیه دمشق به امانت سپرده شد.
شریعتی متفکری بود که رویکردی نقادانه نسبت به برخی از باورهای مذهبی داشت. او به‌طور خاص، تشیع صفوی را مظهر سنت مسخ شده می‌داند و آن را توام با اسارت‌پذیری، خرافه، تقلید و جبرگرایی معرفی می‌کرد. وی همچنین از نگاه سطحی به مدرنیته نیز انتقاد می‌کرد و معتقد بود که راه پیشرفت و ترقی ملت‌های شرقی، متفاوت از راهی است که غرب پیموده است. البته استفاده آگاهانه از تجربیات مدرنیته در غرب، مورد پذیرش شریعتی قرار داشت.
/6262