به گزارش «آینده» از روزهای گذشته برخی گروه‌ها نظیر طیف علامه تحکیم که البته اکنون انجمن اسلامی این دانشگاه را در اختیار ندارند و نیز شورای صنفی از دفن شهدا در داخل دانشگاه انتقاد کرده بودند. در عین حال درکنار بسیج دانشجویی و مدیریت دانشگاه که به نوعی برگزارکننده مراسم بودند، برخی دانشجویان مذهبی نیز از این که پاره ای مخالفت ها باعث هتک حرمت شهدا شود، ابراز نگرانی کرده بودند.
سرانجام امروز با تشییع شهدا بر دوش مردم و جمعی از دانشجویان از درب دانشگاه تهران تا داخل دانشگاه امیرکبیر، طیفی از دانشجویان مخالف که از ساعت 10 صبح در محوطه دانشگاه امیرکبیرتجمع کرده بودند، به سر دادن شعار پرداختند. این گروه که تعداد آنها حدود 100 نفر بود، ضمن پاره کردن تعدادی از بنرهای مراسم و تجمع در مقابل سلف غذاخوری، شعارهایی علیه دانشجویان بسیجی و نیز مواردی چون "دفن شهید بهانه است" سر دادند. در مقابل؛ جمعیت تشییع‌کننده شهدا، به تکرار اشعار مداحی مراسم پرداخته و نیز شعارهایی چون(حسین حسین شعار ماست شهادت افتخار ماست)(هیهات من الذله) و ... سرداده و حلقه ای در مقابل مخالفان برای جلوگیری از برهم زدن مراسم تشکیل شد. بر اساس این گزارش درگیریهایی بین این گروه و تشییع کنندگان به وجود آمد که به زخمی شدن چند تن از طرفین انجامید.
با افزایش جمعیت دانشجویان و مردم شرکت کننده در مراسم تدفین به بیش از 2000 تن، این گروه ناگزیر عقب تر رفتند، اما در مقابل دانشکده صنایع دانشگاه امیرکبیر به سوت و کف و شعار خود علیه مراسم ادامه دادند. در ابتدای این مراسم حجت الاسلام پناهیان به ایراد سخنرانی پرداخت و با رسیدن پیکرهای شهدا به نزدیک محل خاکسپاری، پس از قرائت نماز میت، وسخنرانی قائم مقام وزیر علوم و خوشامد گویی رییس دانشگاه، مادر یکی از شهدای مفقودالاثر به قرائت اشعاری پرداخت که مضامین سیاسی علیه جریان دوم خرداد را دربرداشت.
شایان ذکر است رهبر انقلاب نیز به مناسبت خاکسپاری شهدای گمنام در دانشگاه امیرکبیر پیامی دادند که بخشی از آن در مراسم قرائت شد.
گفتنی است 2 سال قبل و هنگام دفن پیکر چند شهید گمنام در دانشگاه شریف نیز درگیری گسترده‌تری با محوریت انجمن اسلامی این دانشگاه به وجودآمد که حتی به زمین خوردن پیکر یکی از شهدا انجامید و رییس آن دانشگاه مورد ضرب وشتم قرار گرفت.