سازمان مجاهدین انقلاب اسلامی در 16 فروردین 1358 از به هم پیوستن هفت گروه اسلامی مخالف رژیم طاغوت شکل گرفت و برخی از این گروهها سابقه مبارزه مسلحانه علیه رژیم سابق را نیز در کارنامه خود داشتند. مقابله با خطرات و تهدیدات پیش روی نظام نوپای جمهوری اسلامی، به هدفی مشترک برای این گروهها تبدیل شد و بدین ترتیب سازمان مجاهدین انقلاب شکل گرفت. اعتقاد به ولایت فقیه و رهبری حضرت امام خمینی (ره) و تفکر انقلابی یکی دیگر از محورهای اشتراک این هفت گروه بود. این گروهها عبارت بودند از: گروه امت واحده که در سال 1355 با محوریت بهزاد نبوی از سازمان مجاهدین خلق جدا شده بود، گروه توحیدی بدر با محوریت حسین فدایی، گروه توحیدی صف با محوریت محمد بروجردی، سلمان صفوی، اکبر براتی و محمد عطریانفر، گروه فلاح با محوریت محمد منتظر قائم، حسن منتظر قائم و مرتضی الویری، گروه فلق با محوریت مصطفی تاج‌زاده و حسن واعظی، گروه منصورون با محوریت غلامحسین صفاتی دزفولی، محسن رضایی، محمدباقر ذوالقدر و علی شمخانی و در آخر گروه موحدین با محوریت حسین علم‌الهدی.
بدین ترتیب یکی از بزرگترین تشکل‌های سیاسی ابتدای انقلاب شکل گرفت. یکی از وجوه تمایز این تشکل سیاسی نسبت به سایر تشکل‌ها، تحصیلات دانشگاهی اعضای آن بود. به هر حال نخستین شورای هماهنگی سازمان با عضویت محمد سلامتی و صادق نوروزی (از گروه امت واحده)، مرتضی الویری (از گروه فلاح)، محمد بروجردی (از گروه صف)، محمود بخشنده (از گروه موحدین)، محمدباقر ذوالقدر و محسن تحویل زاده از (از گروه منصورون) تشکیل شد. فقدان انسجام لازم فکری برای ایجاد یک تشکل سیاسی میان اعضای گروه‌های هفت‌گانه تشکیل‌دهنده، موجب شد تا از همان روزهای اولیه، جرقه اختلافات بلافاصله پس از تشکیل سازمان زده شود؛ البته فضای ملتهب و غیر عادی سال‌های اول دهه 60 از بروز این اختلافات در سطح جامعه جلوگیری کرد.
اعضای مجاهدین انقلاب در کمیته‌های انقلاب حضور فعالی داشتند و در تشکیل سپاه پاسداران نقش محوری را ایفا کردند. حتی آرم سازمان و آرم سپاه توسط یک نفر طراحی شده‌بود. مجاهدین انقلاب هم به طور مستقل و هم در قالب سپاه در خاموشی تحرکات واگرایانه و سرکوب نیروهای تجزیه طلب در کردستان و سیستان و بلوچستان نقش‌آفرینی داشت. به طوری‌که در دوران جنگ کردستان هم فرمانده سپاه پاسداران در غرب کشور محمد بروجردی و هم فرمانده ارتش در غرب کشور علی صیاد شیرازی از اعضای این سازمان بودند. سازمان پیشمرگان مسلمان کرد نیز توسط مجاهدین انقلاب با استفاده از امکانات سپاه ایجاد شد.
با فرمان امام (ره) در مورد عدم حضور افراد نظامی در گروه‌های سیاسی برخی از اعضای اصلی سازمان همچون محمدباقر ذوالقدر و محسن رضایی که فرماندهی سپاه پاسداران را به عهده گرفته بود از سازمان خارج شدند و عده‌ای دیگر همچون محسن آرمین از فعالیت در سپاه انصراف دادند. با پدید آمدن اختلافات میان اعضای این سازمان در همان ابتدای پیدایش سازمان بر سر مسائلی همچون صدور بیانیه در مناسبت‌هایی همچون روز کارگر، ترور استاد مطهری و یا سالروز درگذشت علی شریعتی و به ویژه مخالفت جناح راست‌گرای سازمان و گروه منصورون با سیاست‌های اقتصادی محمد سلامتی و بهزاد نبوی در دولت میرحسین موسوی، مجاهدین انقلاب پس از مدتی به دو و بعد به سه جناح تقسیم شدند.
حضور راستی کاشانی به عنوان نماینده ولی فقیه در سازمان که با پیشنهاد گروه منصورون انجام شده‌بود و تصمیمات او که اغلب با مخالفت جناح چپ سازمان روبرو می‌شد، عامل دیگری بود که در نهایت موجب خروج ۳۷ نفر از اعضای جناح چپ‌گرای سازمان از جمله بهزاد نبوی و محمد سلامتی در سال ۱۳۶۱ شد و در نهایت در مهرماه 1365 آیت‌الله راستی کاشانی در نامه‌ای به امام، از ایشان خواست تا با استعفای وی و انحلال سازمان موافقت فرمایند که ایشان نیز 5 روز بعد با این دو درخواست موافقت می‌فرمایند و این سازمان با حکم امام منحل شد.
در جریان موسوم به چپ افرادی چون بهزاد نبوی، محمد سلامتی، سعید حجاریان، هاشم آغاجری، مصطفی تاج‌زاده، علیرضا شجاعی‌زند، پرویز قدیانی، مهدی نیکدل و محسن آرمین قرار داشتند. در جناح موسوم به راست احمد توکلی، محسن رضایی، حسین فدایی، حسین رضایی، عبدالحسین روح‌الامینی، حسین زیبایی‌نژاد، مجتبی شاکری و محمدباقر ذوالقدر حضور داشتند و در جناح میانه می‌توان به مرتضی الویری، رضا بصیرزاده، حسین صادقی و محمدرضوی اشاره کرد.
عمده‌ترین اختلافی که بحث‌های فراوانی را برانگیخت، موضوع بزرگداشت دکتر علی‌شریعتی بود. ماجرا از این قرار بود که گروهی پیشنهاد انتشار اطلاعیه‌ای به مناسبت سالگرد درگذشت شریعتی ارائه کردند. زمستان سال 1358 این موضوع مطرح می‌شود. گروهی 4 نفره شامل بهزاد نبوی، مرتضی الویری، ساجدی و پروین نزد امام می‌روند تا نظر ایشان را در این‌باره جویا شوند. شرح این جلسه هیچ‌گاه بازگو نشد اما ظاهرا امام اظهار نظر صریحی درباره اطلاعیه دادن یا ندادن نمی‌کنند هرچند که ساجدی و پروین که از حاضران در این جلسه هستند بر این باورند که امام بزرگداشت شریعتی را از مسائل اختلافی دانسته و بالتبع حرام می‌دانسته اما در نهایت بهزاد نبوی و همفکرانش بیانیه‌ای را در سالگرد درگذشت دکتر شریعتی صادر می‌کنند.
با پایان یافتن جنگ تحمیلی و پس از آن رحلت بنیانگذار جمهوری اسلامی، شرایط جدید سیاسی فرصت را برای جناح اکثریت سازمان که بیش از 5 سال بود انحلال آن توسط امام راحل اعلام شده بود، مهیا کرد تا به عرصه سیاسی بازگردد. با موافقت کمیسیون ماده 10 احزاب، سازمان مجاهدین انقلاب اسلامی با محوریت گروه چپ، فعالیت خود را از 10 مهرماه سال 1370 دوباره آغاز کرد.
یکی از تفاوت‌های این دوره با دوره قبل در این بود که فعالیت سیاسی این افراد با سر و صدای کمتر دنبال می‌شد و مهمترین ویژگی این دوره، یکدستی و اشتراک نظر در موارد مختلف بین اعضا بود.
حمایت از موسوی، حمایت از خاتمی
اغلب اعضای سازمان که مدتی در دولت میرحسین موسوی مسوولیت داشتند در انتخابات ریاست جمهوری سال 76 به این نتیجه رسیدند که موسوی را مجددا وارد عرصه اجرایی کنند اما، رایزنی‌های آنان بی نتیجه ماند و در نهایت سازمان مجاهدین، خاتمی را به عنوان نامزد اصلی خود معرفی کرد و حمایت موسوی را هم برای وی کسب کرد. بدین ترتیب سازمان مجاهدین به یکی از اصلی‌ترین و تاثیرگذارترین تشکل‌های سیاسی دوم خرداد تبدیل شد. پس از پیروزی خاتمی در انتخابات خرداد 76، سازمان عزم خود را برای حضور در مجلس جزم کرد و چند تن از اعضای اصلی خود را روانه مجلس ششم کرد. بهزاد نبوی نایب رییس مجلس شد و محسن آرمین عضو تاثیرگذار کمیسیون سیاست خارجی و امنیت ملی.
فعال در تحصن
در ماجرای تحصن نمایندگان مجلس ششم، بهزاد نبوی نقش موثری در هدایت این جریان بر عهده داشت. گفته می‌شود که جان مایه اصلی بیانیه‌های تند آن روزهای نمایندگان توسط نبوی تهیه می‌شد. به هر حال تجربه سیاسی این چریک پیر موجب شد که نمایندگان محوریت او را در تحصن بپذیرند و هماهنگ با او حرکت کنند.
دوران رکود
شکی نبود که سازمان مجاهدین در انتخابات دهم ریاست جمهوری از موسوی حمایت می‌کند. این حمایت از موسوی در حالی که حزب مشارکت به حمایت از خاتمی تمایل داشت در حال تبدیل شدن به شکاف بزرگی در میان اصلاح‌طلبان بود که با انصراف خاتمی از بروز آن جلوگیری شد و سایر گروهها به حمایت از موسوی روی آوردند. اما سرانجام این حمایت چیزی نبود که مورد انتظار آنان باشد. روز بعد از انتخابات بسیاری از اعضای تاثیرگذار سازمان از جمله نبوی و تاج‌زاده دستگیر شدند تا کم کم زمزمه انحلال این سازمان به گوش برسد.اتهاماتی هم که به اعضای این سازمان وارد شد مزید بر علت بود تا این سازمان مجددا رو به انحلال رود.