اختلاف‌نظر دستگاه‌های دولتی در مورد میزان آلودگیاکوسیستم دریاچه ارومیه وضع مطلوبی ندارد. هرچند برخی مسئولان دولتی با لحنی توجیه‌گرانه، مشکلات این دریاچه را کم‌اهمیت‌تر از آن چیزی می‌دانند که کارشناسان مستقل بیان می‌کنند. بحث در مورد سهم کارخانه «کاوه سودا» در آلودگی دریاچه، یک نمونه مهم از این اختلاف‌نظر است. پساب‌های این کارخانه آلوده به آمونیاک و آرسنیک است. سازمان محیط‌زیست به این کارخانه تذکر داد که حوضچه‌های ترسیب خود را از محوطه دریاچه خارج کند ولی مالکان این کارخانه، این تذکر را چندان جدی نگرفته‌اند. شاید مسئولان محیط‌زیست چندان جدی تذکر نداده‌اند که چنین وضعی پیش آمده است.
دریاچه ارومیه از شرق و غرب در معرض تهدیدهای زیست‌محیطی است. سخنان رئیس اداره محیط‌زیست آذربایجان شرقی می‌تواند خیلی از واقعیت‌های پشت‌پرده را نشان دهد. بیوک رئیسی چندی پیش در پاسخ به اعتراض کشاورزان بومی منطقه که از آلودگی‌های کارخانه «س.ک.مراغه» گلایه داشتند گفت: «با انتقال پساب این کارخانه به حاشیه دریاچه ارومیه، آثار سوء فعالیت این کارخانه بر محیط‌زیست به کمترین حد ممکن رسیده است.» فرماندار مراغه، یکی از حامیان آلاینده‌های غربی دریاچه ارومیه است. او معتقد است با انتقال پساب کارخانه‌های آلاینده از طریق لوله به دریاچه ارومیه، می‌توان مشکل آلودگی خاک‌های کشاورزی منطقه را حل کرد. بهلول نعمتی حامی احداث لوله‌ای است که آلاینده‌ها را از فاصله 25 کیلومتری به دریاچه ارومیه منتقل می‌کند. یکی از کارخانه‌های منطقه روزی 8هزار متر مکعب آب سد علویان را به پساب‌های خطرناک تبدیل می‌کند تا آمونیاک و نمک به دریاچه ارومیه تزریق شود.
آقای فرماندار معتقد است انتقال این حجم عظیم آلاینده‌ها به دریاچه ارومیه در مقابل اشتغال 300 نفر در یک کارخانه بسیار بی‌اهمیت است.چندی پیش نمونه آبهای مناطقی در شمال غرب مشکین شهر و اهر در آذربایجان شرقی به آزمایشگاه دانشگاه تبریز برده شده و نتایج آزمایش‌ها نگران‌کننده است. مشاهده مواد شیمیایی و نمونه‌های سرطانی، این احتمال را تقویت می‌کند که دریاچه ارومیه نیز به موادی از این جنس آلوده باشد.
کارشناسان محیط‌زیست معتقدند شوره زاری دریاچه خطرناک‌تر از آلودگی شیمیایی است. کم آبی و خشک شدن دریاچه اورمیه و گسترش هولناک توده‌های نمک در زمینهای کشاورزی حاشیه دریاچه و همین طور نیاز 3 میلیارد متر مکعبی آب دریاچه مسئله‌ای است که ذهن بسیاری از کارشناسان و علاقمندان به این اکوسیستم بی نظیر را به خود درگیر کرده است و به عقیده این کارشناسان، موضوع خشک شدن دریاچه، مهمتر از هر حادثه دیگری در این منطقه به نظر می‌رسد .