پس از مدت‌ها کشمکش اداری و قضایی سرانجام شهرداری مشهد توانست مسجد تاریخی معجردار را از ثبت ملی خارج کرده و این مسجد را هم به سرنوشت بسیاری دیگر از بناهای تاریخی مشهد دچار کرده و تخریب کند.
نیروهای شهرداری مشهد پس از تخریب ساختمان مسجد، سر درب ورودی آب‌انبار تاریخی مجموعه (حوض معجردار) را که بر اساس حکم قضایی بایستی حفظ می‌شد، تخریب نکردند و در حال حاضر قسمت ورودی آب‌انبار و خود آب‌انبار تاریخی که در زیر زمین قرار گرفته، حفظ شده است.
بر اساس تفاهم انجام شده بین شهرداری مشهد و سازمان میراث فرهنگی، آجرهای تاریخی مسجد معجردار به سازمان میراث فرهنگی تحویل داده خواهد شد.
مسجد معجردار مسجدی با سابقه 200 سال بود که ساختمان آن در حدود 70 سال قبل تخریب و مجددا بازسازی شده بود؛ این بازسازی دست‌آویز شهرداری مشهد برای شکایت و خارج کردن این مسجد تاریخی از ثبت ملی و سپس تخریب این مجموعه بوده است. هم اکنون ورودی حوض معجردار در برابر یک مجتمع بزرگ تجاری قرار دارد.
46