محمد حسین در ده سالگی وارد حوزه علمیه نجف شد. ادبیان عرب، حساب، نجوم، فقه و اصول را با پشتکار و شوق فراوان فرا گرفت. عطش یادگیری او را بی‌قرار کرده بود. نوجوان بود و آرزومند فراگیری علوم بیشتر.
محمد حسین در کنار تحصیل علوم حوزوی به مطالعه عمیق در ادبیات عرب پرداخت. ذوق ادبی خوبی داشت. نثر و نظم زیبای نوشته‌ها و سروده‌های او از ابتدای نوجوانی، هویدای روح لطیف و مهربانش بود. محمد حسین از ابتدای نوجوانی به سرودن شعر و نویسندگی پرداخت. پانزده ساله بود که کتاب «العبقات العنبریه ...» را درباره خاندان خود نوشت. هنوز هیجده بهار بیش ندیده بود که دروس سطح حوزه را به پایان برد و به درس خارج فقه و اصول آیت الله سید محمد کاظم یزدی و آیت الله آخوند خراسانی راه یافت.
روح ناآرامی داشت. ادبیات عرب و تاریخ نتوانست عطشِ ذهنش را فرونشاند. به امید اینکه گمشده‌اش را در اشعار شاعران و تاریخ خاندانش بیاید، سالها در وادی شعر و ادب و تاریخ گام نهاد. اما باز تشنه بود. شگفت که خود نمی‌دانست تشنه چیست! به سراغ برکه حکمت و فلسفه رفت تا روحِ تشنه‌اش را سیراب نماید. وی در این باره می‌گوید:
تمام کتابهای صدرالمتألهین، ملاصدرا شیرازی ـ از مشاعر، عرشیه و شرح هدایه گرفته تا اسفار و شرح اصول کافی ـ را نزد استادان برجسته آموختم ...
زمانی نیز به یادگیری علم حدیث، تفسیر و عرفان پرداخت تا بتواند اندکی از عطش خود بکاهد. به کتابهای فصوص، نصوص، فکوک و دیوان اشعار مولوی، جامی و .... پناه برد.
کاشف‌الغطا علاقه وافری به محدث نوری داشت. محدث نوری از کارشناسان سرشناس علم حدیث بود. کاشف‌الغطاء هماره با استاد نشست و برخاست داشت. از پندهای استاد برای سیر و سلوک و پیمودن راههای سعادت بهره می‌جست. روزی به استاد گفت: رطوبت جوانی در جان من رسوخ کرده و مرا از برخاستن برای نماز شب سنگین نموده است. از این رو، در برخی از شبها، نماز شب از دستم می‌رود. استاد فریاد برآورد: چرا؟ برخیز! برخیز!
کاشف‌الغطاء سالها پس از رحلت استاد، از آن سرزنش استاد یاد می‌کند و می‌گوید: صدای استاد مرحومم، در هر شب، پیش از سحر مرا برای نماز شب بیدار می‌کند.
کاشف‌الغطاء چند دوره در درس خارج فقه و اصول آیت الله سید محمد کاظم یزدی و آیت الله آخوند خراسانی شرکت کرد. تا توانست قله اجتهاد را فتح نماید. وی شرحی بر کتاب «العروة الوثقی» نوشته آیت الله سید محمد کاظم یزدی نگاشت که احتمالاً نخستین شرحی است که بر این کتاب نوشته شده باشد، این شرح چهار جلد است.
آیت الله کاشف‌الغطاء پس از سالها تحصیل و رسیدن به مقام اجتهاد، به تدریس آموخته‌هایش برای طلاب جوان پرداخت. دهها طلبه در مسجد هندی و مقبره میرزای شیرازی در صحن حرم حضرت علی (علیه‌السّلام) گرد می‌آمدند و در درس او شرکت می‌جستند.
تولیت مدرسه علمیه «معتمد» با پیشینه یک قرن بر عهده خاندان کاشف الغطاء بود. این مکان که زمانی رونقی چشمگیر داشت به مرور زمان رو به خرابی نهاد اما ایشان آن را بازسازی کرد و رونقی تازه بخشید.
کتابخانه مدرسه کاشف الغطا از کتابخانه‌های بزرگ نجف بود که کتابهای خطی کمیابی در آن وجود داشت. کاشف‌الغطاء هر روز به مدرسه می‌آمد و بیشتر دیدارهای سیاسی او و گفتگوهای علمی‌اش با نویسندگان و دانشمندان عراق در مدرسه صورت می‌گرفت.
ایشان هماره در اندیشه حلّ مشکلات طلاب بود و با زحمات فراوان توانست برای طلاب مدرسه، معافیّت تحصیلی بگیرد.
«اصل الشیعه و اصولها» از زیباترین نوشته‌های کاشف‌الغطاست. کاشف‌الغطا درباره انگیزه نگارش این کتاب می‌نویسد:
«دو سال پیش، یکی از جوانان پرشور که با هیأتی علمی از سوی دولت عراق، برای تحصیل در «دارالعلوم العلیا» به مصر رفته بود، در نامه‌ای طولانی به من نوشت: ... من با برخی از دانشمندان دانشگاه الازهر رفت و آمد دارم. گاه و بیگاه از نظام آموزشی و دانشمندان حوزه علمیه نجف سخن به میان می‌آید. استادان الازهر از اندیشمندان حوزه علمیّه نجف به بزرگی یاد می‌کنند، ولی می‌گویند: متأسفانه شیعه هستند! من از این سخنان آنها شگفت زده شدم. به آنها گفتم: مگر شیعه بودن گناه است؟! مگر شیعیان مسلمان نیستند؟! برخی از آنها در پاسخ گفتند: شیعیان مسلمان نیستند و ... من جوانی هستم که از پیدایش شاخه‌های گوناگون مذهب ها در اسلام آگاهی ندارم. اکنون از سخنان دانشمندان بزرگ اهل تسنن به تردید افتاده‌ام که آیا شیعه فرقه‌ای از اسلام است؟ اگر مرا از این سرگردانی نجات ندهید مسؤولیت لغزش و گمراهی من بر عهده شماست.
من به وسیله نامه درباره تاریخ شیعه و پاسخ به تهمتهای آنان، او را راهنمایی کردم. ولی در شگفت بودم که چگونه برخی از دانشمندان بزرگ اهل سنت، این گونه سخن می‌گویند! تا اینکه کتاب «فجرالاسلام» نوشته احمد امین، نویسنده بزرگ مصری به دستم رسید. مغزم از دروغهای شاخدار این کتاب سوت کشید. احمد امین، سال پیش (۱۳۴۹ ق.) همراه شماری از استادان، دانسجویان و دانشمندان مصر، به نجف، شهر دانش آمد. او در نجف همراه دوستانش در یکی از شبهای ماه مبارک رمضان به دیدن من آمد. من او را به نرمی سرزنش کردم که چرا چنین دروغهایی را به شیعه نسبت داده است! آخرین عذر احمد امین این بود که آگاهی کافی درباره شیعه نداشتم. من گفتم: این بهانه پذیرفته نیست. نویسنده باید در موضوعی که می‌خواهد بنویسد، خوب بررسی کند. چرا کتابخانه‌های نجف، از جمله کتابخانه خصوصی خودم که ۵۰۰۰ جلد کتاب دارد که بیشتر نویسندگان آنها از اهل سنت هستند، ولی در کتابخانه‌های قاهره کتابهایی که نویسندگان آنها شیعه‌اند، بسیار کم پیدا می‌شود؟!
چند ماه پیش، یکی از جوانان پاک شیعه بغداد، در نامه‌ای به من نوشت سفری به استان «دلیم»، همسایه استان بغداد داشتم، بیشتر مردم آنجا سنی هستند. من با مردم نشست و برخاست داشتم. آنها از سخنان و ادب من بسیار خوشحال بودند. اما هنگامی که فهمیدند من شیعه هستم، گفتند: ما گمان نمی‌کردیم شیعیان با ادب باشند، چه رسد به دانش و دین آنها! ما آنها را یک مشت وحشیان بیابان می‌پنداشتیم! مدتی بعد به سوریه و مصر رفتم. شگفت‌آور بود. مسلمانان سنی مصر نیز همان سخنان مردم «دلیم» را گفتند. آیا موقع آن نرسیده است که به دفاع از شیعه بپردازید؟
روزنامه‌های مصر، سوریه و ... مقاله‌های مسمومی درباره شیعه می‌نویسند. دیگر تاب نیاوردم و سکوت نکردم. نه از این نظر که ستمی بر شیعه شده باشد و من بخواهم در برابر سیل تهمتها از آن دفاع کنم. بلکه از این نظر که پرده‌های نادانی را از برابر چشم مسلمانان کنار بزنم تا افراد با انصاف در داوری درباره شیعه راه عدالت پیش بگیرند و عذر و بهانه‌ای هم برای آن دسته از دانشمندان که یاوه‌هایی بر زیان شیعه می‌گویند و می‌نویسند، باقی نماند که بگویند دانشمندان شیعه، مذهب خود را معرفی نکردند. (این جمله را احمد امین در دیدار با کاشف‌الغطا گفت) و از همه مهم‌تر امید می‌رود در سایه این کتاب پیوندهای دوستی در میان مسلمانان استوار گردد و دشمنی از بین آنها برچیده شود. شاید پس از نوشتن این کتاب، نویسنده کتاب «فجر الاسلام» دگربار ننویسد «تشیّع پناهگاه دشمنان اسلام بوده و هست. تشیع پناهگاه افرادی است که می‌خواهند اندیشه‌های پدران یهودی، نصرانی و زردشتی خود را وارد اسلام کنند.»
«اصل الشیعه و اصولها» در سال ۱۳۵۱ ق. چاپ شد و مورد استقبال خوانندگان قرار گرفت.
کاشف‌الغطا در این کتاب می‌نویسد:
نخستین فردی که بذر تشیع را در سرزمین اسلام کاشت بنیانگذار اسلام، حضرت محمد (صلی‌الله‌علیه‌و‌آله‌وسلّم) بود. دهها حدیث در کتابهای اهل سنت آمده است که در آنها پیامبر (صلی‌الله‌علیه‌و‌آله‌وسلّم)، علی (علیه‌السّلام) و شیعیانش او را رستگاران جهان آخرت یاد کرده است ... اندیشه شیعی از زمان پیامبر آغاز شد ... شیعه در لغت به معنای «پیرو» است و به پیروان حضرت علی (علیه‌السّلام) در زمان پیامبر، شیعیان علی (علیه‌السّلام) می‌گفتند ...
سلمان فارسی که پیامبر درباره‌اش فرمود سلمان از اهل بیت ماست و ابوذر که پیامبر درباره‌اش فرمود آسمان سایه نیفکنده و زمین در برنگرفته کسی را که راستگوتر از ابوذر باشد، هر دو از یاران حضرت علی بودند.
ابوالاسود دوئلی، بنیانگذار علم نحو از شیعیان حضرت علی (علیه‌السّلام) است. خلیل بن احمد فراهیدی، بنیانگذار علم لغت و عروض نیز از یاران اوست. ابومسلم معاذ بن مسلم هراء، پایه‌گذار علم صرف و عبدالله مفسر بزرگ قرآن نیز شیعه بودند. محمد بن عمر واقدی نخستین فردی که علوم قرآنی را گردآوری کرد، شیعه بود. ابورافع بنیانگذار علم حدیث و پسرش علی که نخستین فردی است که کتابی در علم فقه نوشت و پسر دیگرش عبدالله که نخستین مسلمانی است که کتابی در علم تاریخ نوشت، شیعه بود.
ابان بن عثمان الاحمر شیعی نخستین فردی است که کتابی در علم تاریخ اسلام نوشت ... نابغه جعدی، کعب بن زهیر، فرزدق، کمیت، حمیری، دعبل، ابونواس و ... بسیاری از شاعران بزرگ عرب در دامان مکتب شیعه پرورش یافتند.
ابان بن عثمان الاحمر شیعی نخستین فردی است که کتابی در علم تاریخ اسلام نوشت ... نابغه جعدی، کعب بن زهیر، فرزدق، کمیت، حمیری، دعبل، ابونواس و ... بسیاری از شاعران بزرگ عرب در دامان مکتب شیعه پرورش یافتند.
آیا این بزرگان میدان دانش، ادب و جهاد می‌خواستند اسلام را نابود كنند. !!!
طلبه‌ی عرب نجفی ناگهان در شهر خود نجف، کانون دانش و میعادگاه دانشوران، به فراست می‌فهمد باید فارسی بیاموزد تا بتواند عالم و مجتهد شود. چراکه بیشتر طلبه‌های فاضل، اساتید، علما، فقها و حکمای بزرگ نجف ایرانی بوده‌اند و تقریبا تمام درس‌ها را به فارسی می‌گفته‌اند و در مباحثه‌های جان‌دار و نکته‌آموزشان فارسی حرف می‌زده‌اند و کوتاه سخن آنکه زبان علم آن روزگار فارسی بوده است.
هشتادوپنج سال پیش، چندصد نفر از علمای برجسته‌ی دنیای اسلام، شب میلاد پیامبر اعظم (ص) در مراسم افتتاح کنفرانس قدس با سی‌هزار نفر از اهالی بیت‌المقدس، نمازشان را به همان طلبه‌ی نجفی اقتدا کردند که حالا دیگر یک مجتهد علامه بود و بعد پای منبرش نشستند که او سخن از یکدلی و اتحاد مسلمین بگوید و از فردا تمام اعضای کنفرانس، نمازهای پنج وقتشان را به همین آقا اقتدا کردند و یکی دو روز بعد نیز علمای گردآمده در همایش از علامه کاشف‌الغطاء خواهش کردند که نماز جمعهی آن هفته‌ی قدس را نیز اقامه کند.
درجمعه نیمه شعبان همان سال، بزرگان شیعه و سنی شهر صیدا از همین علامه‌‌ی اهل نجف خواهش کردند نماز جمعهی آنان را نیز در مسجدجامع العمری امامت کند و همه‌ی شهر متفق به مسجد آمدند حتی مسیحیان و کلیمیان! که می‌گفتند برای شنیدن خطبه‌هایش آمده‌ایم.
آیت‌الله کاشف‌الغطا هماره در مسایل سیاسی دخالت می‌کرد. برخی از کج‌اندیشان که دین را از سیاست جدا می‌دانستند. از او می‌پرسیدند چرا در سیاست دخالت می‌کند. او در پاسخ می‌گفت: اگر سیاست به معنای پند، راهنمایی، نهی از فساد، نصیحت و مبارزه با استعمار است من اهل سیاستم. آری، من تا فرق سر غرق در سیاستم. چنین سیاستی از واجبات است. پدر، پدربزرگ، جد و تمام خاندان من، بیش از سیصد سال رهبری دینی جهان اسلام را بر عهده داشتند. در زیارت جامعه، درباره ائمه معصوم آمده است: انتم ساسه العباد:شما سیاستمداران مردم هستید. سیاست ما سیاست پیامبر و امامان است.
زمانی هم کاشف‌الغطا نامه‌ای به محمد علی جناح، اولین نخست‌وزیر پاکستان می‌نویسد و هدفهای استعماری پیمانهای نظامی آمریکا را به او گوشزد می‌کند.
سرجان تروتبیک، سفیر انگلیس در عراق، در تاریخ ۲۷ محرم ۱۳۷۳ ق. به دیدار کاشف‌الغطا می‌رود. گفتگو بین آنها درباره کمونیسم، اسرائیل و مسایل دیگر صورت می‌گیرد. کاشف‌الغطا جنایتهای انگلیس در جهان را به او گوشزد می‌کند. سفیر که درمانده بود، می‌گوید: آیا در این کتابخانه بسیار بزرگ شما که هزاران جلد کتاب در آن هست، کتابی علیه ما هست. سفیر فکر می‌کرد که کاشف‌الغطا پاسخی نخواهد داشت. زیرا کتابهای او درباره فقه، اصول، تفسیر، حدیث و دیگر علوم اسلامی است که در آنها اسمی از انگلیس هم نیامده است. کاشف‌الغطا فریاد برآورد: کتاب که چیزی نیست. قلبهای همه ما علیه شماست. از دل یکایک ما به خاطر نیزه‌ای که شما به جهان اسلام زدید، خون می‌چکد.
گفتگوی کاشف‌الغطاء با سفیران انگلیس و آمریکا با نام «محاوره الامام مع السفیرین»، سه بار در نجف و یک بار در آرژانتین چاپ گرديد.
در زمینه اصلاح طلبی دینی، عمده‌ترین افکار و پیشنهادهای او را می‌توان چنین برشمرد:
۱. دعوت به بازگشت به عظمت صدر اسلام. در آثار و سخنان کاشف الغطاء، گذشته‌های پرافتخار مسلمانان و مجد و تمدن کهن آنان یادآوری شده و راز آن پیشرفت‌های و سر انحطاط سده‌های اخیر امت اسلامی تشریح گردیده است. او معتقد است که نخستین گام برای رهایی مسلمانان، بازگشت به ایمان خالص و بی پیرایه صدر اسلام است.
۲. فراخوانی مسلمانان به اتحاد. او تاکید بر اتحاد میان فرقه‌های مسلمان داشت. هرچند مانند بسیاری دیگر از منادیان وحدت اسلامی تعریف و تفسیر روشنی در این زمینه به دست نمی‌دهد، اما می‌خواهد که مسلمانان به این دعوت پاسخ مثبت دهند. او تا آنجا به نقش اتحاد اسلامی اهمیت می‌دهد که جنگ‌های صلیبی، حمله مغولان به امپراتوری اسلامی و نفوذ استعمار نوین غربی در جهان اسلام را معلول فقدان اعتماد میان مسلمان می‌داند. از اینرو تلاش وی در دفاع از تشیع و شناساندن آن نیز به انگیزه زدودن غبارهای سوء تفاهم بین دو مذهب بزرگ اسلامی و نزدیک تر کردن شیعه و سنی بود. لذا علمای فرق مختلف اسلامی به او احترام می‌گذاشتند، چنانکه در کنگره قدس، علمای وهابی نیز پشت سر او به نماز می‌ایستادند. بر اثر کوشش‌های وی در این زمینه بود که دو تن از استادان دانشگاه فاروق اول در بیروت، کتابی با عنوان الاسلام بین السنه و الشیعه نوشتند که در ۱۳۶۹ ق در بیروت چاپ شد.